Muhsin Yazıcıoğlu’nun ölümüne ilişkin yürütülen soruşturmada, helikopterin kırıma uğradığı sırada bölgede uçuş gerçekleştiren savaş uçaklarının hareketliliği mercek altına alındı.
Yapılan incelemelerde, olay anında Amasya 5. Ana Jet Üssü’nden havalanan iki F-16 ile Malatya Erhaç Havalimanı’ndan kalkan bir F-4 savaş uçağının bölgede bulunduğu tespit edildi. Radar kayıtlarında F-4 uçağının belirli bir süre sistemde görünmediği belirlendi. Bu durumun radarın kapatılması, ani irtifa değişikliği veya alçak uçuş nedeniyle meydana gelmiş olabileceği değerlendirildi.
Devlet Denetleme Kurulu raporlarında da yer alan, savaş uçaklarının alçak uçuşları sırasında oluşan basınç ve türbülansın helikopterler açısından ölümcül tehlike oluşturabileceği yönündeki değerlendirme, geçmişte yaşanan benzer olaylarla birlikte soruşturma dosyasına eklendi.
Soruşturmanın dikkat çeken başlıklarından birini ise F-4 uçağının pilotlarından Ali Armağan’ın geçmişi ve bağlantıları oluşturdu. Uçuş saatini tamamlamak amacıyla kazadan beş gün önce Malatya’ya geldiği belirlenen Armağan’ın, daha sonraki süreçte FETÖ üyeliği suçundan mahkûm edildiği tespit edildi.
Soruşturma kapsamında Ali Armağan’ın 2010 yılından itibaren örgütün gizli operasyonel hatlarını kullandığı ve dönemin “Hava Kuvvetleri gizli sorumlusu” Adil Öksüz ile yoğun iletişim kurduğu belirlendi.
Adil Öksüz’ün evinde ele geçirilen ve örgüt elebaşı Gülen tarafından imzalanan bir kitapta da Ali Armağan’ın eşine ait parmak izine ulaşıldı. Hava Kuvvetleri gizli yapılanmasında yer alan kişilerin kazadan hemen önce ve sonra gerçekleştirdiği yurt içi ve yurt dışı seyahat hareketleri de ayrıntılı olarak incelendi.